O CEBIMar não possui curso de graduação ou de pós-graduação, mas oferece sete disciplinas de graduação optativas (para alunos de graduação da USP, regularmente matriculados).
O CEBIMar também oferece suas instalações e serviços para realização dos trabalhos de campo de disciplinas ou cursos de outras unidades da USP ou de instituições externas à USP.
Os docentes do Centro também participam de uma disciplina de graduação optativa interunidades e ministram disciplinas de pós-graduação (oferecidas pelo Instituto Biociências, pela Faculdade de Ciências e Letras de Ribeirão Preto da USP e pelo Instituto Oceanográfico), regularmente oferecidas no CEBIMar.
São também oferecidos cursos de extensão universitária, dirigidos a graduandos ou graduados na área de Ciências Biológicas e áreas afins e também para a comunidade em geral.
