A região onde está localizado o CEBIMar está inserida na Área de Relevante Interesse Ecológico de São Sebastião (ARIE de São Sebastião).

Em 1987, foi criada, pela Secretaria do Meio Ambiente do Estado de São Paulo, a  Área sob Proteção Especial (ASPE), que visava a proteção dos ecossistemas litorâneos que circundam o CEBIMar, para garantir as pesquisas que eram desenvolvidas. Numa faixa situada entre a Ponta de Baraqueçaba e o costão norte da Praia Grande (Ponta Recife), incluia uma parte terrestre, abaixo da cota dos 60 metros de altitude, e uma parte marinha, até 200 metros de distância da linha da costa.

Para garantir ainda mais a preservação das praias e costões adjacentes ao CEBIMar, uma Portaria do IBAMA, de 1989, proíbe a pesca e a coleta de quaisquer organismos marinhos em uma área menor, situada dentro da ASPE do CEBIMar. E uma Resolução da Secretaria de Cultura do Estado faz com que a Ponta do Baleeiro passe a integrar o Tombamento da Serra do Mar.

Em 2008, o Decreto nº 53.525, de 8 de outubro de 2008, cria a Área de Proteção Ambiental Marinha do Litoral Norte e a Área de Relevante Interesse Ecológico de São Sebastião, que é composta pelos setores CEBIMar/USP, Costão do Navio e Boiçucanga, anteriormente reconhecidos como Áreas sob Proteção Especial (ASPEs).

Em 28/06/2022, foi publicada a Resolução SIMA Nº 055, que aprovou o Plano de Manejo da Área de Relevante Interesse Ecológico de São Sebastião. 

 

Legislação sobre a preservação ambiental na área do CEBIMar